4 Jahre nach dem Sieg über MaloMyotismon, in denen die Digiritter ihr normales Leben wieder aufnehmen, geschehen plötzlich erneut seltsame Dinge, die Digiwelt und Menschenwelt gefährden.
Die Digiritter reisen dank ihrer Digivices oft in die Digiwelt um dort ihre Freunde zu besuchen, als diese ihnen voller Schrecken von einem Labyrinth berichten. Jedes Digimon, das dort hineingeht, kommt nicht wieder hinaus. Das Labyrinth scheint sogar zu locken.
Erst später sollen sie herausfinden, dass die Daten dieses Irrgartens sich ständig ändern, Gefahren beinhalten und sogar die Digiritter auf die Probe stellen.
Auch in der realen Welt bereit sich langsam aber sich Dunkelheit aus. Denn offenbar gibt es ein Portal im Labyrinth, das die zum Bösen veränderten Digimon in die Menschenwelt schickt.
Nun versuchen die Digiritter gemeinsam herauszufinden, wer dahinter steckt und wie sie ihn aufhalten können.


Was jedoch keiner von ihnen ahnen kann ist, dass die neue Digiritterin Miharu mit dem Wappen der Vergebung, die verzweifelt auf der Suche nach ihrer Schwester ist, tiefer involviert ist, als es den Anschein hat. Nicht einmal sie selbst weiß es.