Einige Jahre nach den Abenteuern von Yugi & Co wurde die Duel Academy eröffnet, in der gute Duellanten gefördert werden.
Aufgeteilt in drei Häuser, die von den Götterkarten inspiriert wurden.
Silfer Red, Ra Yellow und Obelisk Blue.
Die Obelisik Blue Studenten sind die besten und die Silfer Red Studenten am niedrigsten. Während die Obelisk Blue schüler im Luxus schwimmen, haben die Silfer die schlechteste Unterkunft und werden nie ernst genommen. Man bezeichnet sie als Nieten.
Die meisten aus Obelis Blue kommen wegen ihren Beziehungen und mit Geld in das beste Haus und natürlich sollte man sie auch niemals in einem Duell unterschätzen!

Jaden Yuki ist neu an der Academy und findet schnell Anschluss in seinem neuen Haus Slifer Red. Er macht sich nichts aus diesen Umständen und träumt davon der nächste König der Spiele zu werden.
Crowler, der Vizedirektor will um jeden Preis erreichen, dass Jaden von der Academy fliegt und nutzt alle miesen Tricks um dies zu erreichen, weil er von Jaden in einem Einstiegsduell besiegt wurde und auch Chazz ist Jaden ein Dorn im Auge.
Doch zum Glück hat Jaden in Syrus, Chumley, Alexis und noch anderen schnell gute Freunde gefunden, die ihm helfen und immer zur Seite stehen.
Es scheint ein lustiges neues Jahr zu werden, doch bald schon kommt das böse auf die Insel der Academy. Sogenannte Schattenreiter wollen schon bald mehr Macht.